Moć Poriskopa: Brža i jednostavnija saradnja u istraživanju nanopora

Olakšavajući detekciju molekularnih znakova bolesti, istraživanje nanopora otvara vrata otkrićima koja spasavaju život, pored ostalih potencijalnih primena.

Međutim, kao i kod svih velikih naučnih prodora, uticaj zavisi od saradnje. Tu na scenu stupa Poriskop: on pomaže istraživačima nanopora da prevaziđu fragmentisane radne procese i efikasnije sarađuju.

Preporučujemo

Nanopora je izuzeno mala rupa u membrani, toliko mala da se njen prečnik meri u nanometrima (milijarditi deo metra). Kad električna struja prolazi kroz nanoporu i molekuli prolaze kroz istu rupu - oni izazivaju suptilne promene u struji.

Mereći ove promene, naučnici mogu da identifikuju te molekule, uključujući biomarkere u uzorcima krvi, koji mogu doprineti ranijoj dijagnozi bolesti. S obzirom na to, lako je videti zašto je istraživanje nanopora tako važno, naročito za unapređenje zdravstvene zaštite.

Međutim, analiza samog istraživanja suočava se sa izazovom: svaka laboratorija razvija sopstvene formate podataka i alate za obradu tih podataka, što rezultira mešavinom nekompatibilnih sistema koja otežava saradnju između laboratorija.

Poriskop je dizajniran da to promeni. Umesto uvođenja još jednog nezavisnog alata, na Univerzitetu Otave je kreiran fleksibilan softver za analizu podataka koji kombinuje razne pristupe nanoporama.

Olakšana saradnja

Poriskop je zasnovan na arhitekturi dodataka, u kojoj dodatak (mali, dopunski deo softvera) dodaje specifičnu funkciju većem programu bez promene glavnog sistema. Pomoću Poriskopa, svaka faza analize podataka je vođena različitim dodatkom, uključujući čitanje podataka, detekciju događaja, analizu događaja i vizuelizaciju različitih rezultata.

Svaki dodatak funkcioniše sa jasno definisanim i dokumentovanim programskim interfejsom aplikacije (API). To znači da svako može uključiti neki dodatak, dok se prati šablon Poriskopa, bez potrebe za temeljitim poznavanjem načina na koji ga sistem integriše. Kao rezultat, dodavanje novih odlika je jednostavno i laboratorije koje koriste različite standarde mogu lakše da sarađuju.

„Umesto potrebe za mesecima programiranja ili čak pravljenja potpuno novog alata, možemo dodati novu sposobnost u roku od nedelju dana ili čak tokom jednog popodneva“, objašnjavaju autori.

Višestranost Poriskopa je bitna dok istraživanje nanopora nastavlja da evoluira. „Ne znamo sve buduće pravce istraživanja nanopora, pa smo izgradili fleksibilan okvir koji se može prilagoditi dok se javljuju nove potrebe“.

Otvoreni kod i lakoća upotrebe

Jedna od najvećih prednosti Poriskopa je otvoreni kod, što znači da svaka laboratorija može da mu pristupi i koristi ga besplatno. Međutim, to nije njegova jedina prednost: takođe je mnogo urađeno na što jednostavnijem usvajanju softvera. Objavljeni su rad koji mapira postojeće alate Poriskopa i niz video-uputstava.

Kombinacija otvorenog pristupa sa jednostavnim materijalima za obuku trebalo bi da olakša novim laboratorijama brzo pokretanje i rad Poriskopa. Od tog pristupa već ima koristi pošto je nekoliko laboratorija širom Severne Amerike usvojilo platformu, a interesovanje počinje da raste na međunarodnom nivou.

Na kraju, kreatori se nadaju da će Poriskop evoluirati u globalni projekat, u okviru kog istraživači ne samo da koriste softver, već daju doprinos putem sopstvenih dodataka i ideja, pomažući da se okvir poboljša za sve.

Naučni prodori zavise od ozbiljne saradnje, a alati poput Poriskopa čine tu saradnju bržom, lakšom i moćnijom.

(Telegraf Nauka/University of Ottawa)