Simulacije pokazuju kako HIV ulazi u ćelijsko jedro

Pošto virusi moraju da zauzmu tuđu ćeliju radi replikacije, postali su vrlo dobri u tome – izmišljajući svakojake trikove.

Prema modelima naučnika sa Čikaškog univerziteta, kapsid HIV-a, koji je konusnog oblika, usmerava svoj uži kraj u pore ćelijskog jedra i onda se uvuče unutra. Kad je pora dovoljno otvorena, kapsid je dovoljno elastičan da se provuče. Naučnici kažu da strukturna fleksibilnost i kapsida i same pore imaju ulogu u procesu infiltracije, piše EurekAlert.

Ovaj nalaz pomoću simulacije interakcija više hiljada proteina doprineće boljem razumevanju HIV-a i ukazati na nove mete lekova. Na primer, mogli bismo pokušati da kapsid HIV-a učinimo manje elastičnim, što bi otežalo njegov ulazak u jedro, kažu naučnici.

Preporučujemo

Studija takođe predstavlja dosad najopsežniju simulaciju same jedarne pore.

Kapsid protiv ćelije

Kapsid HIV-a je kapsula sa genetskim materijalom HIV-a koja ulazi u ćelijsko jedro domaćina i primorava ćeliju da proizvodi kopije ključnih elemenata virusa.

Kapsid je složen mehanizam koji sadrži više od hiljadu proteina sastavljenih u oblik kupe, sa užim i širim krajem. Radi ulaska u ćelijsko jedro domaćina, mora da se provuče. „Dugo se nije znalo da li se kapsid razdvaja pre ulaska u poru ili posle“, kaže profesor hemije Gregori Vot.

Nedavna snimanja su ukazala da kapsid ostaje čitav dok se provlači kroz kompleks jedarne pore. To je u suštini prolaz kroz koji jedro šalje i prima isporuke. Kapsid HIV-a je otkrio kako da se provuče.

Kompjuterska simulacija kapsida HIV-a i kompleksa jedarne pore uzela je u obzir hiljade proteina u interakciji. Naučnici su videli da je ulazak kapsida u poru mnogo lakši ako se prvo ubaci uži kraj i onda se postepeno uvuče.

Takođe je otkriveno da i pora i kapsid menjaju oblik tokom procesa. Rešetka molekula koji čine strukturu kapsida razvija male oblasti nižeg reda radi prihvatanja pritiska.

Nalaz bi mogao pomoći da se objasni zašto je kapsid u obliku konusa, a ne u obliku cilindra, što bi na prvi pogled moglo izgledati kao lakše za prolazak kroz poru.

Svaki detalj u putovanju HIV-a kroz telo je šansa za pronalazak slabosti koje bi lekovi mogli ciljati. Takođe se radi o uvidu u fundamentalni aspekt biologije – razumevanju kako mnogo stvari ulazi u jedro, ne samo HIV.

(Telegraf Nauka/EurekAlert)